Nel 1983, durante il periodo di carcerazione preventiva, accettò la proposta di Marco Pannella di candidarsi alla Camera (nelle circoscrizioni di Roma, Milano e Napoli) per il Partito Radicale. Pannella desiderava una candidatura critica, e sostenne che Negri fosse vittima di leggi repressive imposte dai vertici del PCI. D’altro canto Negri promise di lottare per la liberazione dei detenuti arrestati a causa delle “leggi speciali”. La allora prima moglie di Negri, Paola, si era fra l’altro iscritta al PR.

Il 26 giugno assunse la carica di deputato con 13 000 preferenze e uscì dal carcere di Rebibbia, ma il 27 settembre il Parlamento concesse l’autorizzazione all’arresto: l’astensione dei radicali, contrari per principio alle votazioni, ebbe un peso determinante nell’esito della votazione; dietro proposta del PCI, si votò anche sulla sospensiva, che fu respinta per pochi voti.

Nel frattempo però Negri fuggì in Francia grazie all’aiuto di Donatella Ratti e di Nanni Balestrini, con l’impegno di rientrare in Italia dopo un giro di conferenze nelle capitali europee, affrontando un processo di estradizione a Parigi per rientrare per farsi arrestare e suscitare così un “caso”; si sarebbe candidato di nuovo con il PR alle elezioni europee

Qualche tempo dopo l’intervista, però, Negri cambiò idea, rimanendo in Francia e suscitando le ire di Pannella che, dopo aver atteso per settimane il suo rientro in Italia, gli scrisse una lettera aperta su Il Corriere della Sera in cui lo accusò di aver disatteso il proposito di lottare per la liberazione dei “compagni” ancora in carcere; così come criticò poi il suo rientro in Italia commentando: “È chiaro che lui pensa all’amnistia

In Francia Negri rimase 14 anni, come scrittore e docente universitario, avvalendosi della cosiddetta Dottrina Mitterrand. Quando, con l’approssimarsi delle elezioni francesi del 1986, si presentò la possibilità d’una vittoria della destra e quindi si prospettò il termine dell’asilo politico, il filosofo, ad un’intervista all’emittente radiofonica Europe 1, disse di temere possibili espulsioni di massa, per lui e gli altri latitanti-rifugiati; e che sarebbe stato da lui presentato un documento alle autorità italiane e francesi per rendere possibile il ritorno in Italia, chiedendo come garanzia che il giudizio avvenisse “in libertà”; impegnandosi da parte sua a “rifiutare la violenza” e considerando “seriamente” la possibilità del carcere in caso di condanna nel processo

Nel 1997 rientrò volontariamente in Italia per finire di scontare la sua pena. Il rientro seguiva una sorta di scambio a distanza di “garanzie” per sé ed altri soggetti in condizioni analoghe alle sue. Con 26 di questi scriveva infatti nell’ottobre 1986 al presidente del consiglio del tempo, Bettino Craxi: «… abbiamo ormai da molti anni abbandonato ogni partecipazione a movimenti politici perseguiti dalla legge. [...] Crediamo dunque di essere nelle condizioni di poter usufruire della legge sulla dissociazione ora in corso di discussione alle Camere. [...] … vogliamo pregarla di studiare il modo di permettere ai fuoriusciti l’uso della legge sulla dissociazione»
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Il presidente venezuelano Hugo Chávez, del quale Negri fu consulente, ne lesse i primi libri fin dalla metà degli anni novanta, e a quanto riportato in un articolo di Panorama, esso sarebbe «uno dei suoi numi tutelari». Nel suo libro Understanding the Venezuelan Revolution: Hugo Chavez Talks to Marta Harnecker, Chavez ricorda le sue letture dei testi di Negri mentre era rinchiuso in prigione a seguito del suo fallito golpe del 1992. Successivamente Negri lo accuserà di citarlo a sproposito, e di porre freni al cammino verso l’autonomia operaia intrapreso da Lula, da Kirchner e dalla signora Bachelet. Il 15 agosto 2007 Toni Negri era presente nel parlamento venezuelano, mentre il presidente Chávez illustrava i cambiamenti della Costituzione